無菌室一般是在微生物實驗室內專辟一個小房間。面積不宜過大，約5—10平方米即可，高2.5米左右。無菌室外要設一個緩沖間，緩沖間的門和無菌室的門不要朝向同一方向，以免氣流帶進雜菌。無菌室和緩沖間都應該密閉。室內裝備的換氣設備應該有空氣過濾裝置。
1、菌室應該有無菌操作間和緩沖間，無菌操作間潔凈度應達到10000級，室內溫度保持在20—24℃，濕度保持在45—60%。超凈臺潔凈度應達到100級。
2、無菌室應保持清潔，嚴禁堆放雜物，以防污染。
3、防**滅菌器材和培養基污染，已污染者應停止使用。
4、無菌室應備有工作濃度消毒液，5%的甲酚溶液，70%的酒精，0.1%的新潔爾滅溶液等等。
5、無菌室應定期用適宜的消毒液滅菌清潔，以保障無菌室的潔凈度符合要求。
6、要帶入無菌室使用的儀器，器械，平皿等**物品，均應包扎嚴密，并應經過適宜的方法滅菌。
7、作人員進入無菌室前，應該用肥皂或消毒液洗手消毒，然后在緩沖間更換專用工作服，鞋，帽子，口罩和手套，方可進入無菌室進行操作。
8、菌室使用前應該打開無菌室的紫外燈輻照滅菌30分鐘以上，并且同事打開空調系統進行吹風，操作完畢，應及時清理無菌室，再用紫外燈輻照滅菌20分鐘。
9、試品在檢查前，應保持外包裝完整，不得開啟，以防污染。檢查前，用70%的酒精棉球消毒外表面。
10、作過程中，均應做陰性對照，以檢查無菌操作的可靠性。
11、菌液時，應該用吸耳球吸取，切勿直接用口接觸吸管。
12、針每次使用前后，應該通過火焰滅菌，待冷卻后，方可接種培養物。
13、菌液的吸管，試管，培養皿等器皿應浸泡在盛有5%來蘇爾溶液的消毒桶內消毒，24小時后取出沖洗。
14、液灑在桌上或地上，應立即用5%石炭酸溶液或3%的來蘇爾傾覆在被污染處至少30分鐘，再做處理。工作衣帽等受到菌液污染時，應立即脫去，高壓蒸汽滅菌后洗滌。
15、有活菌的物品，應該經消毒后，才能在水下沖洗，嚴禁污染下水道。
16、室應每月檢查菌落數。在超凈工作臺開啟的狀態下，取內徑90mm的無菌培養皿若干，無菌操作分別融化并冷卻至約45℃的營養瓊脂培養基約15ml,放至凝固后，倒置于30—35培養箱培養48小時，證明無菌后，取平板3~5個，分別放置工作位置的左中右等處，開蓋暴露30分鐘后，倒置于30—35培養箱培養48小時，取出檢查。100級潔凈區平板雜菌數平均不得超過1個菌落，10000級潔凈室平均不得超過3個菌落。
